iREAD（内含子保留分析和检测器），这是一种从高通量 RNA-seq 数据中检测全基因组 IR 事件的工具。iREAD 的命令行界面是用 Python 实现的。iREAD 将表示转录组的 BAM 文件和包含基因组内含子坐标的文本文件作为输入。然后，它 1） 计算与内含子区域重叠的所有读取，2） 通过分析读取的特征（如深度和分布模式）来检测 IR 事件，以及 3） 将保留的内含子列表输出到制表符分隔的文本文件中。与 IRFinder 的输出相比，iREAD 在检测 IR 方面提供了显着的附加值，在所有测试的数据集上都具有更高的 AUC。两种方法在不同方案中都显示出低假阳性率和高假阴性率，表明一起使用通常是有益的。

内含子 保持力分析
July 2024