MCScan 是一种算法，能够扫描多个基因组或亚基因组，以识别假定的同源染色体区域，并使用基因作为锚点对齐这些区域。MCScanX 工具包实施了经过调整的 MCScan 算法，用于检测同向和共线性，该算法通过整合 14 个实用程序来扩展原始软件，用于结果可视化和其他下游分析。MCScanX在几种测序植物基因组和基因家族中的应用作为示例进行了展示。MCScanX可用于有效分析染色体结构变化，并揭示可能有助于谱系和分类群适应的基因家族扩展的历史。各种基因复制模式的综合视图可以补充特定家族中的传统基因树分析。MCScanX的源代码和文档可在 http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 免费获取。

基因组 共线性
July 2024