小 RNA 测序允许对产生调节性小 RNA 的基因进行全基因组发现、分类和定量。已经描述了许多工具，用于从小 RNA-seq 数据中注释和定量 microRNA 位点 （MIRNA）。然而，在许多生物体和组织类型中，MIRNA基因仅占所有产生RNA的小基因的一小部分。ShortStack 是一个独立的应用程序，可分析参考对齐的小 RNA-seq 数据，并对推断的小 RNA 基因进行全面的从头注释和定量。ShortStack 的输出报告了与小 RNA 基因注释直接相关的多个参数，包括 RNA 大小分布、重复性、链性、发夹关联、MIRNA 注释和相位。在这项研究中，ShortStack 被证明可以对来自四种植物（拟南芥、番茄、水稻和玉米）和三种动物（果蝇、小鼠和人类）的各种小 RNA 基因进行准确的注释和有用的描述。ShortStack 使用适度的计算资源有效地处理非常大的小型 RNA-seq 数据集，其性能与之前描述的工具相比具有优势。ShortStack 对 MIRNA 位点的注释在植物和动物中都具有高度特异性。ShortStack 在 GNU 通用公共许可证下免费提供。

siRNA分析 miRNA
July 2024