Enrichment Map 是一款用于功能富集可视化的 Cytoscape 应用程序。必须使用任何可用方法在富集映射之外生成富集结果。基因集，如通路和基因本体术语，被组织成一个网络（即“富集图”）。通过这种方式，相互重叠的基因集聚集在一起，使解释更容易。Enrichment Map 还允许在同一映射中比较两个不同的富集结果。

GO KEGG 网络图
July 2024

Pathview 为路径生成原生 KEGG 视图（PNG 格式）和 Graphviz 视图（PDF 格式）。KEGG视图保留了有关通路，空间和时间信息，组织/细胞类型，输入，输出和连接的所有元数据。这对于人类阅读和解释通路生物学很重要。Graphviz 视图可以更好地控制节点和边缘属性，更好地查看路径拓扑，更好地理解路径分析统计信息。目前仅实施了 KEGG 途径。希望将来能够支持来自 Reactome、NCI 和其他数据库的路径。请注意，自 2011 年 5 月以来，KEGG 需要订阅才能进行 FTP 访问。但是，Pathview 通过 html 访问下载单个路径图和数据文件，这些访问是免费提供的（用于学术和非商业用途）。

KEGG 通路图
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