RepeatMasker 是一个程序，用于筛选 DNA 序列中的穿插重复序列和低复杂性 DNA 序列。该程序的输出是对查询序列中存在的重复项的详细注释，以及查询序列的修改版本，其中所有带注释的重复都被屏蔽了（默认：由 Ns 替换）。目前，超过56%的人类基因组序列被该程序识别和屏蔽。RepeatMasker 中的序列比较由几个流行的搜索引擎之一执行，包括 nhmmer、cross_match、ABBlast/WUBlast、RMBlast 和 Decypher。RepeatMasker 使用精选的重复库，目前支持 Dfam（源自 Repbase 序列的配置文件 HMM 库）和 Repbase，这是遗传信息研究所的一项服务。

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July 2024